L’homme est un hybride mammifère-microbes. La flore microbienne peuplant ses surfaces cutanées et muqueuses (microbiote) comporte dix fois plus de bactéries que de cellules somatiques et germinales et 300 fois plus de gènes que le nombre de gènes actifs dans le génome humain. Cette coexistence façonnée par une longue co-évolution sous-tend une puissante symbiose. C’est particulièrement le cas de la flore intestinale qui domine en nombre (1014 !) et diversité d’espèces (environ 1000) les flores des autres surfaces de l’organisme. Elle exerce un effet de barrière contre les microorganismes pathogènes, elle assure la maturation du système immunitaire, a une fonction nutritionnelle par sa production de vitamines et sa capacité de digestion et de fermentation des sucres végétaux complexes. Elle est aussi impliquée dans des fonctions aussi essentielles que la régénération tissulaire, la maturation de la barrière hémato-encéphalique et les phases tardives du développement du système nerveux central et périphérique. Il n’est donc pas étonnant que des pathologies soient associées à des perturbations de cette symbiose. L’ « hypothèse hygiéniste » stipule par exemple que l’appauvrissement récent de l’environnement microbien auquel l’homme est exposé, en particulier durant les deux premières années de la vie, du fait des diverses facettes de l’hygiène (stérilisation des aliments, antibiotiques, etc…) a rompu les paramètres de cette symbiose et puisse rendre compte pour partie de l’émergence de maladies « post-modernes » comme l’obésité, le diabète, l’allergie et l’asthme ainsi que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin.